U 18. se stoljeću na mjestu bazilike nalazilo kazalište koje je bilo poznato po održavanju borbi životinja. Prije izgradnje crkve, grad je 1838. godine opustošila katastrofalna poplava koja je poznata kao najveća poplava u povijesti Budimpešte. Trg na kojem se zgrada bazilike danas nalazi bio je ponešto izdignut iznad razine Budimpešte, pružajući utočište stotinama ljudi za vrijeme poplave. Preživjeli su svoju sudbinu smatrali božjim čudom, zbog čega su donirali novac u svrhu izgradnje crkve na mjestu svog spasa.
Međutim, do početka građevinskih radova prošlo je nekoliko godina. Izgradnja je započeta pod nadzorom arhitekta Józsefa Hilda 1851. godine. Kasnije je vođenje radova preuzeo arhitekt Miklós Ybl, koji je prvobitni klasicistički stil zgrade zamijenio neorenesansnim idejama. Miklós Ybl bio je najistaknutiji arhitekt svoga vremena koji je, između ostalog, projektirao zgrade Državne opere i Palače straže. Radove na izgradnji bazilike naposljetku je dovršio arhitekt József Kauser 1905. godine.
Tijekom Drugog svjetskog rata dragocjenom materijalu Mađarskog nacionalnog arhiva, kao i brojnim izbjeglicama je zaštitu pružio podrum čvrste zgrade bazilike. Crkva je, kao i veći dio grada, pretrpjela ozbiljna oštećenja. Bilo je potrebno mijenjati cijelu krovnu konstrukciju. 1983. godine gradska je uprava donijela odluku o cjelokupnoj obnovi bazilike, a radovi na obnovi trajali su do kolovoza 2003. godine.
Prekrasna panorama grada pred vašim očima
Bazilika svetog Stjepana igra posebnu ulogu u životu Budimpešte. Koncerti za orgulje koji se organiziraju svakog ponedjeljka pružaju poseban doživljaj, i to ne samo za ljubitelje klasične glazbe. Tijekom dana s kupole bazilike možete uživati u zadivljujućoj panorami. Ako se uspnete uz sve 364 stepenice – ili dizalom – možete vidjeti centar Budimpešte iz ptičje perspektive, a kada je lijepo vrijeme pruža se pogled sve do budimskih brda. Ljubitelji sporta mogu doći na kratko hodočašće na grob legendarnog mađarskog nogometaša Ferenca Puskása.
Ferenc Puskás je 2004. godine uvršten na popis 100 najboljih igrača svih vremena FIFA-e. Riznica bazilike puno je više od običnoga muzeja. Liturgijski predmeti koji se ovdje čuvaju koriste se pri najvažnijim svetkovinama sve do danas. Osim religijskih predmeta, u bazilici se čuva i jedna od najvažnijih relikvija Mađarske: Sveta desna ruka – mumificirana desna ruka svetog Stjepana, kralja i osnivača mađarske države – što je glavna atrakcija bazilike.