Až do 19. storočia tvoril Kis Balaton jeden celok s najväčším maďarským jazerom Balaton. V tomto období tu ukladala sedimenty rieka Zala, predtým, ako sa vliala do Balatonu.
Postupom času sa vodou pokrytá rozloha Kis Balatonu, už dávnejšie známa svojimi kolísajúcimi vodnými hladinami, výrazne zmenšila, a poľnohospodári si postupne tiež odkrojili plochy vhodné na obrábanie, čím ďalej zmenšili rozlohu biotopov v mokradiach tejto oblasti.
S cieľom potlačiť znečistenie spôsobené týmito procesmi a nárastom poľnohospodárskych prác, v 1970. rokoch Riaditeľstvo pre životné prostredie a vodné hospodárstvo pre Západné zadunajsko vypracovalo plán rehabilitácie močiarneho sveta. Výsledkom prác, uskutočnených v dvoch fázach, sa svet močiarov rýchlo regeneroval a vznikol rad nových, chránených biotopov. Kis Balaton je od roku 1997 súčasťou Národného parku Balatonská vrchovina, takže návšteva je možná iba s odborným sprievodcom. Pre tých, ktorí nemajú záujem o prehliadku so sprievodcom, je prístupný ostrov Kányavári, rezervácia byvolov v Kápolnapuszta a národopisnú expozíciu v obci Vörs, ktoré môžu navštíviť aj individuálne.