Do 19. stoletja je bil Mali Balaton povezan z Blatnim jezerom, največjim madžarskim jezerom. Takrat je reka Zala tu odlagala usedline, preden se je izlila v Blatno jezero.
Do naših dni se je z vodo pokrito območje Malega Balatona, ki je tudi sicer znan po nihanju vodostaja, znatno zmanjšalo, okoliški kmetje pa so iz njega iztrgali območja, primerna za obdelovanje, s čimer so še dodatno zmanjšali površino tukajšnjih mokrišč.
Za krotitev onesnaževanja, ki so ga povzročili ti procesi in več kmetovanja, je Direktorat za okolje in vode Zahodnega Prekodonavja v sedemdesetih letih prejšnjega stoletja razvil načrt za rehabilitacijo močvirja. Tako se je po dveh fazah del močvirni svet hitro obnovil, nastali pa so tudi številni novi, zaščiteni habitati. Mali Balaton je od leta 1997 del Narodnega parka Balaton-felvidék, zato si ga lahko ogledate le s strokovnim vodenjem osebja parka. Brez vodiča pa lahko obiščete Kányavárski otok, bivolji rezervat v Kápolnapuszti in lokalni etnografski muzej v Vörsu, kamor lahko greste tudi sami.