Biodiverzitet Mađarske i vredne prirodne formacije predstavljene su, očuvane i proučavaju se u nacionalnim parkovima. Postoji deset velikih nacionalnih parkova u različitim regionima Mađarske i mnogi od njih su deo svetske baštine.
Od Miškolca do Nacionalnog parka Agtelek može se doći putem kroz dolinu reka Šajo ili Bodva. Između mesta Jošvafe i Agtelek čekaju vas prave serpentine, ako krenete autom. Na području pećine Baradla postoje duže i kraće izletničke trase. Zvuči neverovatno, ali i pored ne previše povoljnih uslova na ovom području, odnosno u pećinama, živi više od 500 raznih vrsta živih bića.
U okviru parka postoji šest područja pod zaštitom: Kiš Balaton, brdski predeo Kesthelja, basen Tapolca, basen Kali, basen Pečelji, poluostrvo Tihanj, a posebnost navedenih regiona Balatonske visoravni su mediteranski klimatski uslovi, koji kao da pripadaju Sredozemlju. Kiš Balaton, na primer, zaštićen je i Ramsarskom konvencijom o međunarodnoj zaštiti močvarnih područja. U okolini Tapolce vredne su pažnje pećine, na Tihanjskom poluostrvu specifična submediteranska flora i fauna, okružena vulkanskim kupama, koje su takođe vredne pažnje. Retka vrsta ptica koja se gnezdi na poluostrvu je ćuk, vrsta sova odomaćena u južnim predelima, a u letnje predvečerje nisu retki ni cvrčci i zrikavci.
Bik je najviši planinski venac na teritoriji Mađarske, sa četrdeset dva vrha visine preko 900 metara, od kojih je najviši Ištaloške sa svojih 959 metara. Šuma pokriva 97 odsto površine ovih brda. Raspolaže bogatom biosferom, zahvaljujući svojevrsnoj mikroklimi. Pored mediteranskih i alpskih vrsta, ovde se mogu naći i neki rariteti iz ledenog doba. Karstni sistem ovih brda, koji broji stotine pećina, takođe je od izuzetnog značaja za snabdevanje ovog područja vodom za piće. Pećine, kao što su Ištaloke, Šuba ljuk ili Seleta, značajna su arheološka nalazišta.
Ovaj park predstavlja svet netaknutih plavnih šuma i močvara koje okružuju Dunav i Dravu. Ovde se nalazi Gemenc, najveći šumski plavni teren u Mađarskoj, poznat po krdima jelena i divljih svinja, ali je ujedno i značajan rezervat ptica. Ovde živi većina zaštićenih ptica u zemlji, kao što su, na primer, orao belorepan, stepski soko i crna roda. A na strmim obalama reka svuda su naseljene porodice lastavica bregunica.
Jedinstvenu sliku Nacionalnog parka Dunav-Ipolj formiraju raznovrsni površinski oblici, gde se pored rečnih dolina mogu obilaziti i planine, i ravnice. Park, koji se proteže duž brda Piliš i Berženj, između reka Dunav i Ipolj, izuzetno je popularno izletničko mesto. Brda od krečnjaka i dolomita su odličan teren za formiranje pećina. Razumljivo je da se većina od oko 200 pećina ovog nacionalnog parka nalazi na području Piliša. Među biljnim vrstama parka nalazi se mnoštvo vrsta odomaćenih samo u Karpatskom basenu, a neke vrste žive isključivo na području Nacionalnog parka Dunav-Ipolj. Na primer, mađarska vrsta štitarke, Ferula sadleriana. Dok na padinama pogled plene predivni cvetovi velike i crne sase.
Jezero Ferte (Fertő tó), tj. Nojzidl, na granici između Mađarske i Austrije, nije samo odmaralište i sportski centar, već i prelep dom ptica, trske i slanih staništa. Polovina jezerske površine, skoro 90% mađarske teritorije, prekriveno je trskom, a na trećini dominira močvarna vegetacija. Životinjski svet jezera, trske, slanih staništa čini poseban svet. Najznačajnije vrste riba nastanjenih u jezeru su kameni čikov, smuđ, mrguda, štuka i divlji šaran. U trsci žive graciozna velika čaplja, kašikara, crvena čaplja, bukavac, a ovde se gnezdi i eja močvarnica. Stanovnik ovog područja je i živorodni gušter iz ledenog doba. Slana staništa naseljavaju i neke druge vrste, kao što je patka krdža, ptica sabljarka, zlatni vivak i orao belorepan.
Urednici National Geographic Travel-a su 2020. godine odabrali 25 najboljih destinacija na svetu u pet kategorija – avantura, kultura i istorija, priroda, porodica, održivost. Nacionalni park Hortobađ je takođe uvršten na ovu slavnu listu, koja u osnovi navodi destinacije za buduće upoznavanje. Tradicija pastira i čikoša i dalje živi na Hortobađu, a netaknuta priroda, bogata fauna, beskrajna ravnica pustare pune su čuda i nesvakidašnjih prilika za izlete. Reč „pustara“ je, inače, slavenskog porekla i znači pusto mesto. Naziv nije slučajan, jer ovde godišnje ima svega 500 milimetara padavina. Park takođe ima četiri odvojena ogledna područja: močvarni svet Eđek Pustakoč, ribnjak Hortobađ, pustaru Njire-Lapoš-Njarijaraš i delove parka koji predstavljaju divlji svet jezera Tise. Sve to doprinelo je da ovaj predeo zemlje postane deo svetske baštine.
Rezervat obuhvata prirodno blago područja između Tise i Dunava i jedan deo županije Čongrad-Čanad, preko Tise. Na pustari Bugac predeo gde raste kleka najviše je posećen deo Nacionalnog parka Kiškunšag, u čijem centru je smešten Muzej pastira. Okolina Filephaze puna je lutajućih peščanih dina, a u okolini Apajpuste česta su slaništa. Na području livada Sikra i Alpar ima mnogo rukavaca, gde cvetaju beli lokvanji i žuti lokvanji. Mesto Tešerde (Tőserdő) je poznato stanište ptičjeg sveta, koje pruža fascinantan prizor belih čaplji, gnjuraca i sivih čaplji.
Na zaravni Šolti prostiru se jezera Kunšaga koja čine najveći sistem slanih staništa u Mađarskoj, gde se gnezde ptice sabljarke i obične čigre. Dok je ostrvo Korom dom najveće kolonije rečnih galebova u Evropi.
Zadatak nacionalnog parka je da zaštiti slaništa, močvare koje se sve više smanjuju, plavne šume i lesne stepe koje takođe nestaju, kao i njihovu biosferu u južnom delu područja preko Tise. Područje se može podeliti na dva dela: region Kereš sa svojim karakterističnim plavnim terenima i lesnim grebenom u predelu Bekeš Čanad, gde se u okolini mesta Devavanja nalazi najznačajnija populacija droplje u zemlji. Ovde živi i nekoliko zaštićenih, i retkih ptica. To su šljuka potrk ili zijavac, jarebica, ritska sova i eja livadarka.
Pored Eršega, ovaj park uključuje i Vendvidek, i neregulisanu dolinu reke Rabe. Livade Vendvideka u maju obraduju posetioce raznobojnim cvećem, pa je pejzaž preplavljen šarenilom ušca, zvončića i ljutića. Stanovnici brežuljkastih livada su i biljke kockavica, sibirska perunika, zatim leptiri močvarna sedefnica i vatreni dukat, kao i ptica prdavac. U Eršegu se nalaze i šume bukve, i borove šume u kojima žive najsitnije ptice u Evropi, žuti i vatroglavi kraljić. Duž Rabe gnezde se i pčelarice, vodomari i sive čaplje, a u vrbacima plavnog terena duž reke viđaju se, istina veoma retko, i tragovi dabra i vidre.