Jusqu’au 19e siècle, le Petit Balaton formait une unité avec le plus grand lac de Hongrie, le lac Balaton. À cette époque, la rivière Zala y a déposé ses sédiments avant de se jeter dans le lac Balaton. Au fil du temps, la surface d’eau du Petit Balaton, connu pour ses fluctuations d’eaux, a diminué de manière significative, puis les agriculteurs de la région ont pris possession des sols propices à la culture, ce qui a réduit davantage les zones humides.
Dans les années 1970, la Direction de l’environnement et de la gestion des eaux de la Transdanubie occidentale a élaboré un projet pour la réhabilitation des marécages, afin de contrôler ces processus et la pollution résultant de l'intensification de l’activité agricole. À la suite de ce projet réalisé en deux étapes, les marécages se sont rapidement régénérés, et de nouveaux habitats protégés se sont formés. Depuis 1997, le Petit Balaton fait partie du Parc National du Haut Balaton et ne peut être visité dans l’ensemble qu’en compagnie de guides experts. Ceux qui souhaitent explorer la région sans guide, peuvent visiter l’île de Kányavár, la réserve de buffles de Kápolnapuszta et le musée de la vie locale de Vörs qui peuvent également être visités individuellement.