Par opposition aux grandes galeries susmentionnées, c'est la collection privée de la riche famille Esterházy de la noblesse hongroise qui constitue la base de la collection des beaux-arts du Musée des Beaux-Arts, et non des biens impériaux ou royaux. Les peintures, dessins et gravures de cette collection ont été achetés par l'État hongrois en 1870. Depuis cette époque, l'ensemble des pièces d'exposition a été considérablement élargi et est désormais considéré comme la plus grande collection d'Europe centrale. Parmi les artistes exposés figurent Leonardo, Raffaello, Titien, Dürer, El Greco, Velázquez, Rubens, Rembrandt, Van Dyck, Tiepolo, Goya, Manet, Monet, Toulouse-Lautrec, Renoir et Cézanne.
Au cours des premières années, cette collection fut accueillie par l'Académie, mais cette dernière devint rapidement trop petite. Le bâtiment actuel a été inauguré en 1906, par François-Joseph, empereur de l'Empire austro-hongrois, dans le cadre des grands projets d'investissement du millénaire. Cent ans durent s'écouler avant la première grande extension et transformation. La reconstruction fut achevée en 2018, et ainsi, le musée entièrement modernisé est à nouveau ouvert aux visiteurs.