Sve do 19. veka Kiš-Balaton, to jest Mali Balaton bio je deo Balatona, najvećeg jezera u Mađarskoj. U to vreme reka Zala ovde je nanosila talog, pre nego što se ulivala u Balaton.
Do danas je vodena površina Kiš-Balatona sa inače nestabilnim nivoom vodostaja prilično smanjena, a i zemljoradnici iz okoline počeli su da obrađuju pristupačne površine ovog područja, u još većoj meri smanjujući područje vodenih staništa.
U interesu sprečavanja ovih procesa i zbog eskalacije poljoprivrednih poslova, tokom 1970-tih godina Direkcija za zaštitu okoline i vodoprivredu Zapadnog Zadunavlja izradila je plan rehabilitacije močvarnog terena. Kao rezultat ovog poduhvata, sprovedenog u dve faze, močvara je vrlo brzo ponovo oživela i nastalo je mnoštvo novih, zaštićenih staništa. Kiš-Balaton je od 1997. deo Nacionalnog parka Balaton felvidek, stoga je poseta moguća samo u pratnji stručnog vodiča. Za pojedinačne posetioce, koji ne žele pratnju vodiča, otvoreni su Kanjavari ostrvo, rezervat bivola u Kapolnapusti i etno-kuća u Veršu.