Do 19. století tvořil Malý Balaton spolu s největším maďarským jezerem Balatonem jeden útvar. Tehdy zde řeka Zala před ústím do jezera Balaton naplavila usazeniny. Dnes se zaplavená oblast Malého Balatonu, známá kolísající vodní hladinou, významně zmenšila a i zdejší zemědělci plochu vhodnou pro pěstování plodin přemístili a mokřady v kraji nadále redukují.
Z důvodu omezení znečišťování způsobeného těmito procesy a nárůstu zemědělské činnosti vypracovalo v 70. letech 20. století Ředitelství pro životní prostředí a vodní hospodářství Západního Zadunají plán týkající se obnovy mokřadů. Díky pracím provedeným ve dvou etapách se mokřady rychle vzpamatovaly a vytvořily několik nových chráněných biotopů. Malý Balaton je od roku 1997 součástí národního parku Balatonská vrchovina, a proto je návštěvníkům přístupný pouze v doprovodu profesionálních průvodců. Individuální turisté, kteří nepotřebují organizovanou prohlídku, mohou objevovat ostrov Kányavári, buvolí rezervaci v Kápolnapusztě a lidový dům ve Vörsu.