Mały Balaton aż do XIX wieku stanowił jedność z największym jeziorem Węgier, z Balatonem. W tych czasach rzeka Zala przed ujściem do Balatonu zostawiała tu osady.
Na dzisiaj obszar zalany i tak wahającą wodą Małego Balatonu znacznie się zmniejszył, a później okoliczni rolnicy wycinali sobie tereny nadające się pod uprawę, dalej zmniejszając przez to powierzchnię terenów podmokłych w regionie.
W celu zahamowania tych procesów i zlikwidowania zanieczyszczeń powstających z powodu wzrostu prac rolniczych w latach 1970 Dyrekcja Ochrony Środowiska i Gospodarki Wodnej Zachodniej Panonii wypracowała plan rehabilitacji bagna. W wyniku dwuetapowej realizacji planu bagno szybko się regenerowało i powstały liczne nowe, chronione siedziska. Mały Balaton jest częścią Parku Narodowego Balatonfelvidéki od 1997 roku, więc zwiedzanie dostępne jest tylko z przewodnikiem. Indywidualnie można zwiedzać wyspę Kányavárisziget, rezerwat bawołów w Kápolnapuszta i Chatkę Tradycji w Vörs.