Hasta el siglo XIX, el Pequeño Balaton formaba una unidad con el lago más grande de Hungría, el lago Balaton. En aquel entonces, el río Zala depositaba aquí su sedimento antes de desembocar en el Lago Balaton.
Hoy día, la zona cubierta de agua del Pequeño Balaton, conocida por su fluctuante nivel de agua, ha disminuido significativamente, y los agricultores de la zona también le han restado zonas aptas para el cultivo, reduciendo aún más la superficie de los humedales de la zona.
Para poner freno a la contaminación provocada por estos procesos y el incremento de la labor agrícola, en la década de 1970, la Dirección de Medio Ambiente y Gestión del Agua de la Transdanubia Occidental desarrolló un plan para la rehabilitación de la zona pantanosa. Como resultado de las obras realizadas en dos fases, la zona pantanosa se regeneró rápidamente, creando una serie de nuevos hábitats protegidos. El Pequeño Balaton forma parte del Parque Nacional de las Tierras Altas del Balaton desde 1997, por lo que su visita solo es posible con la guía de los expertos del parque. Quienes no soliciten guía, pueden visitar la isla Kányavári, la reserva de búfalos de Kápolnapuszta y la casa folklórica de Vörs, lo que se puede hacer de forma individual.